Zunächst in der Prager Heilig-Kreuz-Kirche bestattet, wurden die Gebeine des nun als Märtyrer Verehrten 1396 in den Veitsdom transferiert. Seit dem 15. Jahrhundert kursierte die Legende, Johannes Nepomuk habe König Wenzel nicht verraten, was dessen der Untreue verdächtigte Gemahlin Sophie von Böhmen ihm in der Beichte anvertraut habe. Wegen dieser Wahrung des Beichtgeheimnisses sei Nepomuk ermordet worden. Im Zuge der Rekatholisierung Böhmens im 17. und 18. Jahrhundert wurde der Kult um Johannes Nepomuk gezielt gefördert. Er wurde als „Gegenheiliger“ zum immer noch verehrten Reformator Jan Hus (hingerichtet 1415) inszeniert. Als man schließlich bei einer Untersuchung der Grabstätte im Veitsdom im Jahr 1719 die Gebeine Johann Nepomuks angeblich unversehrt auffand, folgten 1721 die Seligsprechung und am 19. März 1729 die Heiligsprechung durch Papst Benedikt XIII.
