Aber es waren nicht die Inka, die Rache an Pizarro übten. Die Rücksichtslosigkeit, mit der jener sich seine Eroberungen zu eigen machte, erzürnte seine Verbündeten. So hatte er die Unterwerfung der Inka nicht zuletzt der Waffenhilfe seines Gefährten Diego de Almagro zu verdanken. Der fühlte sich hintergangen von Francisco Pizarro und seinen Halbbrüdern und um seinen Anteil an der Herrschaft über Peru betrogen. Daher beanspruchte er die Inka-Hauptstadt Cusco für sich. Dort wurde er von Hernando Pizarro gefangen genommen und hingerichtet. Fortan hegte Almagros gleichnamiger Sohn Rachepläne gegen den Pizarro-Klan, die er schließlich am 26. Juni 1541 ausführen konnte. Seine Anhänger riefen ihn zum Gouverneur Perus aus, doch wurde er nur ein Jahr später in der Schlacht von Chupas von spanischen Truppen besiegt und hingerichtet. Francisco Pizarros mumifizierter Leichnam ist in der Kathedrale von Lima bestattet.
