Im 16. Jahrhundert führte König Gustav I. Wasa den Protestantismus in Schweden ein, und der Universität als päpstlicher Gründung ging zunächst die ideelle und wirtschaftliche Basis verloren. Es kam zu einer Krise und sogar zur Unterbrechung der Lehrtätigkeit, bis die Universität 1595 wiederbelebt wurde. Mit Schwedens Aufstieg zur protestantischen Großmacht im Ostseeraum erlebte die Universität im 17. Jahrhundert eine Blütezeit. Heute gehört sie zu den größten Schwedens.
