Doch auch über 100 Jahre nach ihrer Ausgrabung bleiben die Eigentumsverhältnisse der Nofretete umstritten. Wie bei allen ausländischen Grabungsmissionen hatte die ägyptische Altertümerverwaltung Borchardts Grabung eine Lizenz erteilt. Nach der damals geltenden Regelung sollten alle Funde von ähnlicher Bedeutung aufgeteilt werden. Für die ägyptische Seite setzte Grabungskommissar Gustave Lefèbvre ein steinernes Altarbild, den sogenannten Klappaltar von Kairo, an die erste Stelle. Die deutsche Seite stellte die Nofretete-Büste der Stele als gleichrangig entgegen. Dem geltenden Recht wurde demnach Genüge getan. Jedoch mehren sich heute die Stimmen, die eine faire Fundteilung zwischen dem Deutschen Reich und dem damals unter europäischer Fremdherrschaft stehenden Ägypten bezweifeln.
