Die protestantischen Teilnehmer waren der Wittenberger Theologe Ägidius Hunnus, der Neuburger Hofprediger Jakob Hailbronner sowie der dortige Hofdiakonus Magnus Agricola. Die katholische Position vertraten die Jesuiten und Ingolstädter Professoren Albert Hunger und Jakob Gretser; für Letzteren kam wenig später Adam Tanner. Am 18. November begann das Streitgespräch in lateinischer Sprache. Insgesamt fanden 14 Sitzungen statt. Am 7. Dezember 1601 wurde die Disputation vorzeitig abgebrochen. Die Positionen waren unvereinbar, und beide Seiten hatten nicht an Polemik bis hin zu wüsten Beschimpfungen gespart. Das Religionsgespräch 1601 war das letzte, das im Rahmen eines Reichstags stattfand.
