Es vereint eine Graduiertenschule für altertumswissenschaftliche Studien, ein Forschungszentrum und ein Forschungsportal. Getragen wird das Antike-Kolleg von den sechs Institutionen, die auch im Excellenzcluster zusammenarbeiten: die Freie Universität, die Humboldt-Universität, die Berlin-Brandenburgische Akademie der Wissenschaften, das Deutsche Archäologische Insitut, das Max-Planck-Institut für Wissenschaftsgeschichte sowie die Stiftung Preußischer Kulturbesitz.
Die Graduiertenschule, die „Berlin Graduate School for Ancient Studies“ (BerGSAS), bietet vom akademischen Jahr 2012/13 an vier Programme für Promotionsstudien. Beim Thema „Landschaft und Architektur“ stehen Feldarchäologie und antike Bauforschung im Mittelpunkt, im Studiengang „Objektstudien und materielle Kultur“ die Analyse antiker Stücke aus den Berliner Museen. Das Programm „Sprache und Texte antiker Kulturen“ vermittelt editorische Kompetenz, antike Philologie sowie Lexikographie, während beim Thema „Wissenschaftsgeschichte“ der kulturellen Verortung von neuen Kategorien des Denkens, des Beweisens und der Erfahrung nachgegangen wird.
Das Forschungszentrum ist unter anderem damit befasst, Programme für Gastwissenschaftler zu entwickeln. Eine Forschergruppe zur Wissenschaftsgeschichte wurde bereits eingerichtet. Das Forschungsportal schließlich widmet sich der plattformübergreifenden Sicherung und Nutzung digitaler Daten und leistet die technische Unterstützung für das Antike-Kolleg.
