Der Vers aus der Ordensregel des heiligen Benedikt bringt das Lebensgefühl und den Anspruch barocker Benediktiner auf den Punkt: Ut in omnibus glorificetur Deus („Damit in allem Gott verherrlicht werde“). Noch heute zieren diese lateinischen Worte das Chorgewölbe der Stiftskirche zu den Schotten in Wien. Die Benediktinerabtei gründete der Babenbergerherzog Heinrich II. Jasomirgott um 1155 und holte zur Besiedlung iro-schottische Mönche aus dem Kloster St. Jakob in Regensburg. Bereits sehr früh, schon in der Mitte der 30er Jahre des 17. Jahrhunderts, begannen die barocken Um- und Neubauarbeiten von Kirche und Kloster. Allgemein lässt sich seit dem Sieg der Katholischen Liga in der Schlacht am Weißen Berg bei Prag 1620 ein „klösterlicher Bauboom“ in den habsburgischen Erblanden feststellen, der auch zur Zeit der Schwedeneinfälle kaum stagnierte und sich nach dem Entsatz von Wien bei der Türkenbelagerung 1683 noch steigerte. Während die Klostergebäude der Wiener Schottenabtei nur Adaptierungen und Modernisierungen erfuhren, wurde die Stiftskirche gänzlich neu errichtet, 1648 wurde der Bau geweiht. Die Innengestaltung oblag dem aus dem Kloster Brauweiler bei Köln kommenden Abt Petrus Heister. Das von ihm verantwortete Gesamtprogramm der Kirchenausstattung lässt sich heute nur schwer rekonstruieren, da nahezu alle stuckumrahmten Deckenfresken bei der Neugestaltung im 19. Jahrhundert verlorengingen und bloß die Seitenaltarblätter vor Ort erhalten blieben.
Das theologische Bildkonzept für die noch tradierten Szenen aus dem Neuen Testament, aus der Ordens- und aus der Gründungsgeschichte des Klosters geht mit großer Wahrscheinlichkeit auf den Universalgelehrten Gabriel Bucelinus, Benediktiner im oberschwäbischen Weingarten, zurück. Eines der Seitenaltarbilder zeigt den heiligen Benedikt als Patriarchen des abendländischen Mönchtums. Ihn umgeben Vertreter jener Orden, die nach seiner Regel leben: Links empfängt ein Benediktiner in schwarzer Kukulle (einem Überwurf mit Kapuze) das Regelwerk von seinem Ordensvater, hinter ihm der heilige Bernhard von Clairvaux und ein weiterer Zisterzienser in weißem Habit. Benedikts Schwester, die heilige Scholastika, blickt, fast gänzlich verdeckt, als Exponentin der Frauenorden hervor. Rechts kniet ein Mitglied des Ritterordens von Calatrava.
Bereits in der Regel des heiligen Benedikt wurde die Autonomie der einzelnen Klöster festgeschrieben. Die Beschlüsse des Konzils von Trient (1545–1563) akzeptierend, schlossen sich die meisten Abteien zu losen, oftmals den Bistumsgrenzen folgenden Kongregationsverbänden zusammen, um gemeinsame Interessen besser vertreten zu können. Alle Versuche zur Gründung einer übergreifenden Benediktinerkongregation im deutschsprachigen Raum scheiterten jedoch. Zahlreiche deutsche Benediktinerabteien genossen als Reichsklöster den Sonderstatus der Reichsunmittelbarkeit, woraus sich eine Reihe von Privilegien und Freiheiten ergab: Die Fürstäbte waren im Reichstag vertreten. In zwei Kollegien – der rheinischen und der schwäbischen Prälatenbank – konnten sie mit ihrer Stimme die Reichspolitik mitgestalten.
