Mit dem Rätselraten um die Motive, die hinter dem Mord an Philipp steckten, erschöpfen sich die offenen Fragen um den toten König nicht. Sein Leichnam wurde unweit von Aigai in der Grablege der makedonischen Könige bestattet. 1977 begannen hier Ausgrabungen unter Leitung des griechischen Archäologen Manolis Andronikos. Sie brachten zwei seit der Antike ungestörte Tumulus-Gräber zum Vorschein, die reiche Beigaben enthielten.
Lange war umstritten, ob eines – und wenn ja, welches – der beiden Gräber die Gebeine Philipps II. enthält. Inzwischen besteht in dieser Frage weitgehend Einigkeit: In Grab II fanden sich Beinschienen, von denen eine so geformt war, dass sie sich einem schlecht verheilten Schienbeinbruch anpasste. Von Philipp ist bekannt, dass er sich zu Lebzeiten das Bein gebrochen hatte. Reste des Schädels zeigen zudem eine Wunde am Auge, wo Philipp historischen Zeugnissen zufolge von einem Pfeil getroffen worden war.
