Schon der Apostel Paulus forderte dazu auf, einen Häretiker nach mehrmaliger erfolgloser Ermahnung zur Rückkehr zum rechten Glauben zu meiden (Tit 3, 10). Doch derselbe Paulus konnte der Ketzerei andererseits fast etwas Gutes abgewinnen, wenn er sagte, daß Häresien in den Gemeinden notwendig seien, damit die Rechtschaffenen offenbar würden (1 Kor 11, 19). Von Repression oder gar Verfolgung war im frühen Christentum jedenfalls noch nicht die Rede.
Das griechische Wort haíresis bedeutet zunächst nichts anderes als „Wahl“ und davon ausgehend dann unter anderem auch „Neigung“ oder „Gesinnung“. Im Sprachgebrauch des Neuen Testaments bezog es sich auf bestimmte Gruppierungen oder Lehren, die sich von der Mehrheitsmeinung unterschieden, wodurch der Begriff dann auch die negative Bedeutung von „Sekte“ oder „Irrlehre“ bekam. Insgesamt spielt die haíresis in den neutestamentlichen Schriften aber keine allzu große Rolle. Spätere Theologen reflektierten den Begriff ausführlicher. Für Isidor von Sevilla (um 560–636) etwa, der in seinem enzyklopädischen Werk, den „Etymologien“, die Begriffe von ihrer Grundbedeutung her zu verstehen suchte, waren Häresien Lehren, die sich jemand aus freier Wahl nach seinem eigenen Willen suchte und die somit in Isidors Verständnis nicht vom Heiligen Geist offenbart waren.
Mit der Ausbreitung des Christentums innerhalb des Römischen Reichs stieg auch die Zahl der theologischen Kontroversen in und zwischen den christlichen Gemeinden. Gleichzeitig bildeten sich mit den allgemeinen Konzilien Dogmen heraus, an denen sich die Rechtgläubigkeit des einzelnen erwies. Da die Protagonisten in diesen Kontroversen oftmals ganze Gemeinden oder regionale Teilkirchen hinter sich wußten, kam es in der Spätantike zu großen häretischen Gruppierungen.
Fatal für die Häretiker war der in der Konstantinischen Wende im 4. Jahrhundert eingeleitete Aufstieg des bis dahin oftmals verfolgten Christentums zur erlaubten und schließlich alleinigen Staatsreligion. Die Häretiker wurden damit auch zu Gegnern des Kaisers und Häresie und Majestätsverbrechen zum erstenmal gleichgesetzt. Für das Mittelalter erlangten die spätantiken Häresien vor allem deshalb Bedeutung, weil neue irrgläubige Erscheinungen von den Zeitgenossen immer wieder mit den alten identifiziert wurden, die sie aus Ketzerkatalogen und polemischen theolo?gischen Schriften kannten. Für die Erforschung mittelalterlicher Häresien bringt diese Gleichsetzung heute oftmals große Probleme.
Im frühen Mittelalter standen die kirchlichen Funktionsträger zunächst eher vor anderen Problemen als dem der Auseinandersetzung mit häretischen Bewegungen. Im Vordergrund stand für sie die Apostasie, also der Abfall vom noch nicht fest verankerten Glauben. Die nicht selten oberflächliche Christianisierung der germanischen Völker, die im Gegensatz zur individuellen Konversion des einzelnen in der Antike stand, war nicht die Grundlage, auf der häretische Theologen einen großen Anhang gewinnen konnten. Und so betreffen Nachrichten über Häresien in der Zeit vor der Jahrtausendwende fast ausschließlich einzelne Intellektuelle, deren Ansichten auf Konzilien verhandelt wurden.
