Nach dem Ende des Alten Reiches mußten sich die Thurn und Taxis in einer völlig veränderten Umgebung zurechtfinden. Das Amt des Reichsgeneralpostmeisters war wie die Reichspost mit der Auflösung des Reiches erloschen. Das „Fürstentum Thurn und Taxis“ wurde mediatisiert, es verlor seine staatsrechtliche Selbständigkeit und wurde zum bloßen Grundbesitz. Auch der mit Mühe erworbene Fürstentitel war durch die Mediatisierung entwertet, denn je nach Lage des Grundbesitzes war das Oberhaupt des Hauses Thurn und Taxis – nach Artikel 24 der 1806 zu Paris zwischen Napoleon und den im Rheinbund liierten deutschen Fürsten beschlossenen „Rheinbund-Acte“ – nun Untertan des Königs von Württemberg oder des Fürsten von Hohenzollern-Sigmaringen.
Regensburg, bisher Freie Reichsstadt und Sitz des Immerwährenden Reichstags, ein Zentrum des Heiligen Römischen Reiches Deutscher Nation, sank zu einem bedeutungslosen Nest in der bayerischen Provinz ab. Karl Alexander Fürst von Thurn und Taxis (1770 –1827) mußte sich damit aus einer ungünstigen Position heraus in einer Welt der Unsicherheit – erst der Napoleonischen Kriege, dann der Verhandlungen auf dem Wiener Kongreß – behaupten. Zunächst mußte gespart werden, denn die Einnahmen brachen weg. Die Kosten der Hofhaltung (zuletzt 400000 Gulden) wurden auf die Hälfte reduziert. Allerdings wußte das Regensburger Fürstenhaus mit den Schicksalsschlägen kreativ umzugehen. Fürstin Therese von Thurn und Taxis, eine geborene Prinzessin von Mecklenburg-Strelitz (1773 –1839) und Schwester der preußischen Königin Luise, verhandelte intensiv und erfolgreich über die Entschädigung für die Enteignungen. Nach Artikel 17 der „Deutschen Bundes-Acte“ wurden Thurn und Taxis der Besitz der Posten und die Entschädigungen aus Säkularisationsbesitz garantiert. Zusätzliche Entschädigungen folgten, als die Posten in weiteren Territorien verlorengingen: So erhielt Thurn und Taxis etwa von Bayern die ehemalige Reichsabtei St. Emmeram in Regensburg mit den Herrschaften Donaustauf, Wörth und Einkünften aus dem Rentamt Meran in Südtirol; von Preußen erhielt man die Domänen Adelnau, Krotoschin, Orpiszewo und Rodrazewo im Großherzogtum Polen, die 1819 zu einem Fürstentum unter preußischer Landeshoheit vereint wurden. In Böhmen kaufte Fürst Karl Alexander 1822/23 von den Grafen Kinsky die Herrschaften Chotieschau, Chraustowitz mit Holegschowitz und Richenburg, alles Territorien von einer völlig anderen Größenordnung als der niederländische oder der schwäbische Besitz.
Zudem war der Ruf der Reichspost immer noch so gut, daß sich eine Reihe kleinerer Territorien an Fürst Karl Alexander mit der Bitte wandte, ihre Postdienste zu übernehmen. So ergab sich die absurde Situation, daß die Organisation der Reichspost das Reich um mehr als zwei Generationen überlebte. Der schrittweise Verlust des ehemaligen Postgebiets in Baden, Württemberg und Bayern wurde kompensiert durch die Übernahme des Postwesens in Hessen und den thüringischen Staaten, die zuvor meist nicht zum Postgebiet der Thurn und Taxis gehört hatten. Das euphorische Urteil Johann Wolfgang von Goethes über die Schnelligkeit und Verläßlichkeit der „Thurn- und Taxisschen Posten“ kommt wohl nicht aus seiner Frankfurter Kindheit, sondern aus seiner Zeit als Minister des Herzogtums Sachsen-Weimar.
