Früh und nachhaltig sollten die Schrecken des Dreißigjährigen Krieges das Leben des ersten Herzogs prägen. Als der Krieg ausbrach, war der 1601 geborene Wettiner gerade einmal 16 Jahre alt und seine Ausbildung noch längst nicht abgeschlossen. Ein Studium und die für einen jungen Adligen übliche Kavalierstour durch Frankreich und Italien blieben ihm ob der unsicheren Lage jedoch verwehrt.
Anders als bei seinen älteren Brüdern führte der Weg für Ernst nicht direkt aufs Schlachtfeld. Erst als der Krieg 1631 auch Thüringen erreichte, trat er in die schwedische Armee ein und kämpfte in den Schlachten bei Rain am Lech und bei Lützen (beide 1632). Doch während sein Bruder Bernhard nach dem Tod Gustav Adolfs II. von Schweden (1611–1632) zum schwedischen Oberbefehlshaber aufstieg, blieb der Militärdienst für Ernst ein Zwischenspiel. Für Bernhard übernahm er die Verwaltung des kurzlebigen Herzogtums Franken (1633/34), zwei Jahre später heiratete er die Prinzessin Elisabeth Sophia von Sachsen-Altenburg und bezog in Weimar Quartier.
Als dann 1638 zuerst Ernsts Cousin Johann Ernst von Sachsen-Eisenach und im Folgejahr auch der Kriegsheld Bernhard starb, mussten die Lande der ernestinischen Wettiner unter Ernst und seinen noch lebenden Brüdern neu aufgeteilt werden. Der Älteste, Wilhelm, erhielt Sachsen-Weimar, Albrecht Sachsen-Eisenach, und Ernst wurde Herzog des neugeschaffenen Herzogtums Sachsen-Gotha.
Aus der Not geboren: Der Regent handelt kostenbewusst
In seiner Residenzstadt Gotha galt es für Ernst, echte Grundlagenarbeit zu leisten. Er konnte nicht auf bestehende Strukturen zurückgreifen, sondern musste aus dem Nichts einen funktionierenden Verwaltungs- und Regierungsapparat aufbauen. Dabei standen ihm nur sehr begrenzte Mittel zur Verfügung, war Gotha doch durch Plünderungen und Truppeneinquartierungen im Kriegsverlauf stark belastet und die Bevölkerung stark dezimiert worden.
Folgerichtig blieb Ernst wenig anderes übrig, als zu sparen und schlanke, aber effiziente Strukturen aufzubauen, die seine Untertanen möglichst wenig belasteten. Auch beim Bau einer Residenz war Pragmatismus gefragt. Zunächst bezog er mit seiner Familie das Schloss Tenneberg in Waltershausen, später das Kaufhaus am Markt in Gotha. Doch von Beginn an war klar, dass dies nur Übergangslösungen waren. Ein Neubau musste her. Der geeignete Ort dafür ergab sich von selbst: Hoch über der Stadt, auf den Trümmern der alten Schloss- und Festungsanlage des Grimmenstein, sollte das neue Schloss Friedenstein errichtet werden.
Die alte Anlage hatte sich im Lauf des Spätmittelalters vom Herrensitz zum Landgrafensitz und schließlich zur kurfürstlichen Residenz entwickelt. Doch im 16. Jahrhundert verknüpfte sich ihr Schicksal eng mit der Urkatastrophe der Ernestiner: Nach der Niederlage des Schmalkaldischen Bundes in der Schlacht von Mühlberg 1547 wurde Kurfürst Johann Friedrich der Großmütige (1532 –1554) gefangen genommen, verlor seine Kurwürde und musste hinnehmen, dass mehrere seiner Festungen ihrer Wehranlagen beraubt wurden – so auch der Grimmenstein. Als dann sein Sohn Johann Friedrich der Mittlere (1554 – 1595) mit Hilfe des Ritters Wilhelm von Grumbach den Versuch machte, die alte Macht der Dynastie wiederherzustellen, und dabei scheiterte, ordnete Kaiser Maximilian II. 1567 die gründliche Zerstörung der zwischenzeitlich wiederbefestigten Schloss- und Festungsanlage an.
