Entdeckt wurden bei den Ausgrabungen bislang über 150.000 Funde sowie zahlreiche Siedlungsreste ab dem 7. Jahrhundert bis in die Neuzeit: wie zum Beispiel Mauerreste der ehemaligen Klosteranlage samt Friedhof und der alten Stadtbefestigung.
Unmittelbar vor der Stadtmauer kamen überaus fundreiche Abfallschichten zum Vorschein, die wohl mehrheitlich ins Spätmittelalter datieren. Das Fundspektrum umfasst zahlreiche Metallfunde, Gegenstände aus Knochen und Ton, Fragmente von Geschirr- und Ofenkeramik sowie Glasgefäßen und vieles mehr.
Bis Ende September 2014 überlässt das Amt für Städtebau der Stadt Zürich dem Landesmuseum seine kostbaren Funde, zu sehen sind Ofenkacheln, Tonstatuetten sowie Rosenkranzfragmente. Der spätmittelalterliche „Unrat“ gibt Aufschluss über den Alltag und die Lebensumstände in Zürich zu jener Zeit.
Daneben präsentiert die Ausstellung „Archäologie. Schätze aus dem Schweizerischen Nationalmuseum“ über 400 kostbare Fundstücke wie etwa ein Lochstab, auf dem Pferde eingeritzt sind, Hals- und Armringe des Goldschatzes von Erstfeld (4. Jh. v.Chr.) und die Schale von Zürich-Altstetten (1500-1000 v. Chr.). Neben den neuen Funden befinden sich in der Sammlung des Schweizerischen Nationalmuseums Objekte aus dem Fraumünsterquartier: Tonstatuetten und ein Kachelofen sind in der Dauerausstellung „Galerie Sammlung“ zu sehen. Darüber hinaus befinden sich auch zwei originale Zimmer der letzten Äbtissin von Zürich, der adeligen Katharina von Zimmern sowie die Stube der Cäcilia Helfenstein, einer früheren Äbtissin, aus dem Kloster Fraumünster im Landesmuseum Zürich.
Bei der Gründung des Schweizerischen Nationalmuseums spielte die archäologische Sammlung eine besondere Rolle, gehörte sie doch zu den wichtigsten Sammlungsbeständen, welche 1898 die Eröffnung des Museums ermöglichten. Im Rahmen der Sanierungs- und Bauarbeiten musste die archäologische Dauerausstellung im Jahr 2009 geräumt werden und die Objekte kamen zur Aufbewahrung ins Sammlungszentrum in Affoltern am Albis. Die Highlights kehren nun bis Dezember 2014 ins Landesmuseum Zürich zurück. Liebhaber der Archäologie dürfen sich auf die Zukunft freuen: 2016 wird eine neue Dauerausstellung Archäologie im Erweiterungsbau eröffnet werden.
