Die Katastrophe des Zweiten Weltkriegs führte auch in Pergamon zu einer längeren Unterbrechung der archäologischen Unternehmungen. Erst zehn Jahre nach Kriegsende, 1955, konnte der damalige Präsident des Deutschen Archäologischen Instituts, Erich Boehringer, an den Ort zurückkehren, an dessen Ausgrabung er schon in den 1920er Jahren mitgewirkt hatte. Dass ihm die Aufgabe zufiel, die „Königin der Ausgrabungen“ wieder zum Leben zu erwecken, erwies sich für Pergamon als Glücksfall, denn die Erfahrung, die wissenschaftliche Reputation und das bemerkenswerte Organisationstalent von Boehringer waren entscheidende Voraussetzungen für den Erfolg. Boehringer ließ erst einmal das Grabungshaus wiederherrichten und entwarf dann ein Programm für die künftigen Forschungen. Das Hauptziel bestand zunächst in der Suche nach dem Nikephorion, einem bedeutenden Athena-Heiligtum aus hellenistischer Zeit, das sich nach antiker Überlieferung vor den Mauern der Stadt befunden haben soll. Als vielversprechender Platz galt der Hügel Musalla Mezarl lk am südwestlichen Fuß des Burgbergs. Dort, zwischen römischem Theater und Amphitheater, nahm man mehrere Sondagen vor, bei denen jedoch nur Reste antiker Wohnbebauung zum Vorschein kamen. Die Lokalisierung des Heiligtums ist leider bis heute nicht gelungen.
Einen zweiten Schwerpunkt der archäologischen Tätigkeit bildete die Fortführung der 1928 begonnenen Ausgrabungen im außerhalb der Stadt gelegenen Asklepieion. Zwischen 1958 und 1969 wurden die hellenistischen Bauphasen des Heiligtums erforscht. Weitere Aktivitäten stellten eine Sondage im Fundament des Großen Altars (1961), die Grabung in hellenistisch-römischen Wohnhäusern westlich der Unteren Agora (1964 –1967) und die Erkundung der antiken Hauptstraße auf dem Burgberg (1968/69) dar. Darüber hinaus richtete sich die Aufmerksamkeit auf die Restaurierung und Präsentation von Baukomplexen im Bereich der Altgrabungen. Exemplarisch genannt seien die Arbeiten im Demeter-Heiligtum, begleitet von einer Bauaufnahme, und im Traianeum, wo das Ordnen der im Gelände verstreuten Architekturteile die Voraussetzung für die spätere Teilrekonstruktion des Heiligtums schuf. Etliche der damals gewonnenen Forschungsergebnisse wurden in der traditionsreichen Reihe „Altertümer von Pergamon“ veröffentlicht. Das Erscheinen der meisten Bücher hat Boehringer nicht mehr erleben dürfen.
Nach dem Tod Erich Boehringers im Jahr 1971 berief die Zentraldirektion des Deutschen Archäologischen Instituts Wolfgang Radt, damals Wissenschaftlicher Referent an der Abteilung Istanbul, zum neuen Leiter der Pergamon-Grabung. Dessen mehr als 30-jährige Tätigkeit in diesem Amt begann mit einer 1972 durchgeführten Notgrabung im Felsheiligtum von Kap l kaya, das sich einige Kilometer nordwestlich von Pergamon im Bergland des Kozak befindet. Anlass waren vorangegangene Raubgrabungen in der schon lange bekannten Kulthöhle der Muttergottheit Kybele und deren Umfeld. Die Untersuchungen brachten ein mit Liegepodien ausgestat‧tetes und für rituelle Mahlzeiten bestimmtes Banketthaus zutage…
