Vielen Aufklärern galten Klöster als Horte des Aberglaubens. Dazu kam bei den beschaulichen Orden der Vorwurf, schlicht nutzlos zu sein und nichts zum Wohl der Gesellschaft beizutragen. Dies führte unter Kaiser Joseph II. in den habsburgischen Erblanden 1782 zur Aufhebung all jener Klöster, die „weder Schule halten, Kranke betreuen, predigen oder den Beichtstuhl versehen, in den Schulen sich hervortun“. In mehreren Wellen wurden rund 800 Klöster in Österreich aufgelöst, die Übrigen der Aufsicht des Diözesanbischofs unterstellt. Viele Klöster über‧lebten nur, weil sie eilends Schulen gründeten oder Mönche als Seelsorger in die Pfarreien schickten. Beides sind noch heute typische Elemente gerade auch des benediktinischen Lebens in Österreich. So werden etwa von dem berühmten Stift Melk in der Wachau insgesamt 28 Pfarreien betreut, vom benachbarten Stift Göttweig gar 29.
In der Schweiz kam es 1798 zum Klostersturm. Die im Gefolge der Französischen Revolution entstandene Helvetische Republik zog das Vermögen sämtlicher Klöster ein, die Aufnahme von Novizen wurde ihnen verboten. Das darin angelegte langsame Klostersterben fand jedoch nicht statt, denn bereits 1803 war die Helvetische Republik Geschichte, und es entstand die föderal organisierte Eidgenossenschaft mit damals 19 Kantonen. Die Klöster erhielten durch diese staatliche Neuorganisation zwar nicht ihre weltliche Macht zurück, wohl aber ihre Besitzungen, und sie durften fortan auch wieder Novizen aufnehmen. So wurde beispielsweise das Kloster Einsiedeln im Kanton Schwyz nach wenigen Jahren wiederbesiedelt, die 1798 geflohenen Mönche konnten zurückkehren. Doch ausgerechnet in der Fürstabtei St. Gallen, dem wohl berühmtesten Kloster der Schweiz, gelang die Wiedergründung nicht, da der letzte Abt, Pankraz Vorster, nicht bereit war, auf sämtliche weltlichen Hoheitsrechte zu verzichten.
In Deutschland wurden durch den Reichsdeputationshauptschluss von 1803 die geistlichen Herrschaften (darunter auch die reichsunmittelbaren Abteien und Stifte) aufgelöst und alle Klöster säkularisiert. Die Landesherren sollten damit für ihre während der Revolutionskriege verlorengegangenen linksrheinischen Herrschaften entschädigt werden – allerdings war die Entschädigungsmasse in diesem Fall um ein Vielfaches größer als der zuvor erlittene Verlust. Von der Aufhebung blieben nur wenige Klöster verschont. So verzichteten etwa die (protestan‧tischen!) Markgrafen von Baden auf die Aufhebung der Zisterzienserinnenabtei Lichtenthal in Baden-Baden, da das Kloster die historische Grablege des Fürstenhauses war. Allerdings waren die Lichtenthaler Nonnen fortan nur noch Gäste im eigenen Haus, und sie durften formal nicht mehr dem Zisterzienserorden angehören. Erst 1925 wurde das Kloster wieder dem Orden angegliedert, und erst seit 1993 ist Lichtenthal nicht mehr dem Erzbischof von Freiburg unterstellt, sondern eine eigenständige Abtei innerhalb des Zisterzienserordens.
Von der ersten Auflösungswelle unter Kaiser Joseph II. wurde die Abtei St. Blasien im Schwarzwald, die zu Vorderösterreich gehörte, noch verschont. Unter Fürstabt Martin Gerbert war 1768 der Grundstein für die monumentale klassizistische Klosterkirche gelegt und in der Gruft eine zentrale Grablege für die Habsburger angelegt worden. Auch der Aufforderung, einen Nutzen für den Staat zu bringen, kamen die Benediktiner von St. Blasien nach. Rund 100 Pfarreien betreuten sie Ende des 18. Jahrhunderts, auch war dem Kloster eine Schule angeschlossen. Doch diese letzte Blüte war nur von kurzer Dauer. Mit dem Reichsdeputationshauptschluss von 1803 fiel St. Blasien an die Markgrafen von Baden, in die Klostergebäude zog eine Gewehrfabrik ein, und die Kirche verfiel.
