Aus dem Machtzuwachs in dieser Region resultierte schließlich im 13. Jahrhundert die Gründung eines eigenen Ordensstaats. Der „Deutschordensstaat“ existierte bis ins 16. Jahrhundert und umfasste das Gebiet des ehemaligen Ostpreußen sowie großer Teile des heutigen Estland und Lettland. Die Auswirkungen von Reformation und Säkularisation, militärische Niederlagen und interne Querelen führten zum fortschreitenden Bedeutungsverlust des Ordens, der in den letzten 200 Jahren – nachdem er in den Rheinbundstaaten von Napoleon 1809 verboten worden war – seine schwerste Zeit zu durchstehen hatte.
Das Verbot zwang den Orden zu jahrzehntelangem Stillstand, erst durch die Fürsprache von Staatskanzler von Metternich konnte er in den 1830er Jahren wieder aufleben, Schutz- und Schirmherr des Ordens wurde Kaiser Franz I. Die Zahl der Ordenspriester nahm wieder zu, sie betreuten Pfarreien und versahen seelsorgerische Dienste; der Orden setzte seinen Schwerpunkt zunehmend auf die zivile Krankenpflege und den Sanitätsdienst. Mit dem Ende des Ersten Weltkriegs sah sich der Orden den nächsten schwerwiegenden Problemen gegenüber. Das Habsburger-Gesetz, das alle Herrschaftsrechte der Habsburger aufhob, ihr Vermögen beschlagnahmte und ihre Mitglieder des Landes verwies, wurde für den Orden beinahe zum Verhängnis, da er als Hausorden der Habsburger betrachtet wurde – folglich drohte die Säkularisation. Nur durch die Umwandlung in einen klerikal-geistlichen Orden konnte dieses Schicksal abgewendet werden, doch mit der Bodenreform in der Tschechoslowakei verlor der Orden rund die Hälfte seines Grundbesitzes.
Als weitaus schlimmer sollte sich jedoch 1938 der „Anschluss“ Österreichs an das Deutsche Reich erweisen: der Orden war die erste kirchliche Institution, die verboten und enteignet wurde, lediglich in Jugoslawien und Südtirol war ein beschwerliches Überleben möglich, wobei er nach der Besetzung Jugoslawiens auch dort enteignet wurde. Nach 1945 brachten heimatvertriebene Ordensmitglieder aus der Tschechoslowakei den Orden nach 140 Jahren wieder nach Deutschland und der Neubeginn wurde in Angriff genommen: Die Schwestern gründeten ihr Mutterhaus in Passau, für die Brüder ging der Wiederbeginn von Darmstadt aus, heute haben sie Ihren Sitz in Weyarn in Oberbayern. Sie bauten auch die Deutschordenswerke auf, einen Sozialkonzern, der heute in rund 60 Häusern mit 2400 Mitarbeitern wirkt.
Die neue Abteilung im Deutschordensmuseum, die die schweren Zeiten des Ordens im 19. und 20. Jahrhundert beleuchtet und den Orden des 21. Jahrhunderts vorstellt, wird von Hochmeister Dr. Bruno Platter aus Wien mit einem feierlichen Festakt eröffnet – verbunden auch mit der Freude, dass der Deutsche Orden nun sein 200jähriges Fortbestehen trotz Napoleons Befehl feiern kann.
