Die Schrecken und Entbehrungen des Krieges sollten das Leben und damit auch die Regierung des ersten Herzogs von Sachsen-Gotha maßgeblich prägen. Am ersten Weihnachtstag des Jahres 1601 als neunter Sohn Johanns III. von Sachsen-Weimar geboren, hatte Ernst nach dem frühen Tod seines Vaters eine ebenso sorgfältige wie strenge Erziehung genossen. Der übliche Abschluss blieb ihr indes verwehrt: Der Ausbruch des Dreißigjährigen Krieges 1618 verhinderte, dass Ernst jene Kavalierstour unternehmen konnte, wie sie seit der Renaissance für junge Adlige geradezu obligatorisch war. Auch ein Studium an einer Universität konnte Ernst nicht an-treten. Stattdessen übernahm der Fürstensohn mit nur 19 Jahren für kurze Zeit die Regierungsgeschäfte, in Vertretung seiner älteren Brüder, die in den Krieg gezogen waren.
Die älteren drei Brüder Johann Ernst, Friedrich und Wilhelm kämpften an der Seite Friedrichs V. von der Pfalz in der Schlacht am Weißen Berg (1620), aber auch die Jüngeren sollten in den kommenden Jahren die Schrecken des Krieges erfahren. Sie wurden verwundet, getötet oder starben im Feldlager. Nach zehn Jahren Krieg waren noch vier Brüder am Leben. Als bald darauf der kaiserliche Heerführer Johann T’Serclaes von Tilly in Thüringen einrückte, nahm der Älteste unter ihnen, Wilhelm, Kontakt zum schwedischen König Gustav II. Adolf (1611–1632) auf. Jetzt trat auch Ernst in die schwedische Armee ein und kämpfte in den Schlachten bei Rain am Lech und bei Lützen (beide 1632), in welcher der Schwedenkönig fiel und Ernsts jüngerer Bruder Bernhard das Kommando über die schwedischen Truppen übernahm.
