Die Venusgrotte wurde von Ludwig II. mit modernster Technik ausgestattet. Für die Beleuchtung der Grotte wurde zum Beispiel eine Stromerzeugungsanlage mit insgesamt 24 Dynamos gebaut. Linderhof gilt daher als Standort des ersten ständigen Kraftwerks Bayerns. Auch das Problem der eindringenden Feuchtigkeit hatte man früh erkannt. Sondierungsgrabungen zeigten, dass die Grotte während der Erbauungszeit mit einem wassersperrenden Teeranstrich und einer Schutzschicht aus wasserundurchlässigem Lehm versehen wurden.
Dennoch traten schon kurz nach der Fertigstellung weitere Probleme auf. Bereits 1889/90 musste über der Hauptgrotte ein Dach errichtet werden. Unterirdisch fließendes Wasser konnte jedoch nach wie vor, insbesondere nach starken Regenfällen oder bei Schneeschmelze, durch die dicken Natursteinmauern eindringen. Die im Lauf der Zeit durch das Wasser entstandenen Schäden sind heute nicht mehr zu übersehen. Auch die Feuchtigkeit, die vom See im Innern der Grotte aufsteigt, trägt zum kontinuierlichen Zerfall der Grotte bei. In den 1960er Jahren mussten sogar Schutznetze eingebaut werden, um die Besucher zu schützen.
Die Grotte soll nun dauerhaft abgedichtet werden. Neben dem Denkmalschutz berücksichtigt man bei der Sanierung auch den Naturschutz. So sind etwa auch neue Einflugröhren für geschützte Fledermäuse wie die Mopsfledermaus oder die Kleine Hufeisennase vorgesehen.
Langfristig sollen auch die Schutznetze und Schutzgerüste wieder entfernt werden, denn vorrangiges Ziel der Instandsetzungsarbeiten ist die Wiederherstellung des ursprünglichen, ungestörten Raumeindrucks der Grotte.
