Insbesondere das Singen volkssprachiger Hymnen sowie Laienpredigten und -beichten brachten den Flagellanten schnell kirchliche Kritik ein. Die Selbstgeißelung sollte keinen sakramentalen Charakter erhalten und die beteiligten Laien sich keine priester‧lichen Privilegien anmaßen. So verbot Papst Clemens VI. am 20. Oktober 1349 in der Bulle „Inter sollicitudines“ die Geißlerbewegung, auch deswegen, weil der Pontifex sie für die Juden‧pogrome verantwortlich machte. Tatsächlich entlud sich die Pestangst in Attacken gegen die Juden, die als „Brunnenvergifter“ die Urheber der Seuche sein sollten. In den Städten nördlich der Alpen wurde das Verbot der Flagellanten schnell und ziemlich rigoros durchgesetzt.
