Wie alle großen Metropolen der Antike gedieh Qatna dank des bedeutenden Agrarpotentials seines Territoriums, das erheblich zum wirtschaftlichen und politischen Wachstum der Stadt und des Reiches beitrug. Auch die strategische Lage am Kreuzungspunkt großer Karawanenstraßen stärkte seine Bedeutung. In erster Linie waren es jedoch die günstigen Umweltbedingungen (relativ reichliche Regenfälle, Fruchtbarkeit des Mergelbodens), die der Stadt die Entwicklung einer reichen und vielseitigen Agrarwirtschaft ermöglichten. Deren Grundlage war der typisch mediterrane Ackerbau mit Getreide, Wein, Oliven, ergänzt durch den Anbau von Feigen- und Mandelbäumen sowie, wo Bewässerung möglich war, durch Gartenbau.
Eine intensive landwirtschaftliche Nutzung ist seit der Frühen Bronzezeit belegt. Archäologische Untersuchungen ergaben, dass das Hinterland von Qatna seit der zweiten Hälfte des 3. Jahrtausends v. Chr. mit einem dichten Netz landwirtschaftlicher Siedlungen überzogen war. Sie umgaben die Stadt und lagen in regelmäßigen Abständen entlang den Wasserläufen, die die Region durchzogen. Untersuchungen zeigen ferner, dass sich in dieser Zeit eine immer stärkere Beeinflussung der natürlichen Umwelt – vor allem lichte Eichen- und Wacholderwälder – durch die Bevölkerung bemerkbar machte. Die Zunahme von Ackerbau und Viehzucht verwandelte die natürliche Umgebung im Verlauf des 3. und 2. Jahrtausends in eine Agrarlandschaft.
Archäologisch lässt sich auf dem Gebiet von Qatna die Existenz eines kleinen Sees nachweisen, an dessen Ostufer die Siedlung lag. Er war rund 70 Hektar groß und vermutlich zumindest teilweise künstlich geschaffen. Seine Entstehung fällt in die zweite Hälfte des 3. Jahrtausends: die Zeit, in der sich das erste urbane Zentrum entwickelte. Heute ist der See ausgetrocknet.
Die Existenz des Sees lässt vermuten, dass es eine Art „Ressourcenmanagement“ gab. Sein Wasser stammte aus einigen Karstquellen sowie einem Wasserlauf, der ständig Wasser führte; auf diese Weise konnte ein Sammelbecken entstehen, das für die Stadt eine permanente Wasserreserve bildete. In der Folge ließen sich der Ertrag der Landwirtschaft und die Leistungsfähigkeit der Viehzucht nachhaltig verbessern. Zudem zog das Gewässer mit seiner Feuchtzone verschiedene Wasservogelarten an (Enten, Gänse), deren Knochenreste bei den Ausgrabungen gefunden wurden. Auch gab es in dem kleinen See zahlreiche Süßwassermuschelarten; sie waren ein wichtiger Bestandteil der Ernährung der Bevölkerung von Qatna.
In der Mittleren und Späten Bronzezeit (2. Jahrtausend) wurde die Landwirtschaft intensiviert. Archäobotanische Untersuchungen der bei den Grabungen gefundenen Pflanzenreste sowie die Analysen der Pollen, die in den Sedimenten des antiken Sees eingeschlossen sind, gestatten es, die Existenz von Gersten- und Weizenfeldern, Weingärten, Oliven- und Feigenbäumen sowie den Anbau von Hülsenfrüchten und Gemüse zu rekonstruieren. Die landwirtschaftliche Nutzung trug um 1700 mit zu einer Umweltveränderung bei. Pollenanalysen zeigen, dass sich die Wacholder- und Eichenwälder deutlich verringerten (vermutlich wurde das Holz als Brennholz verwendet) und die offenen Grasflächen mit nur vereinzeltem Baumbestand größer wurden.
