Hubmaiers Versuch seit 1523, in Waldshut die Reformation einzuführen, brachte die Altgläubigen gegen ihn auf, darunter auch die katholischen Habsburger. Obendrein erhob sein einstiger Freund Eck Anklage wegen Häresie gegen ihn. Hubmaier floh nach Schaffhausen und begegnete dort den Lehren der Täufer, die er nach seiner Rückkehr 1525 auch in Waldshut verbreitete – ehe er abermals fliehen musste.
Die folgenden Jahre führte Hubmaiers Weg über Zürich und Augsburg ins mährische Nikolsburg, wo er ebenfalls die täuferische Reformation einführte. Im Jahr 1527 erreichte der habsburgische Kaiser Ferdinand I. schließlich die Auslieferung Hubmaiers. Nach Inhaftierung auf der Burg Kreuzenstein wurde Hubmaier wegen Landesverrats und Häresie am 10. März 1528 in Wien auf dem Scheiterhaufen hingerichtet.
