Sylvanus war jedoch ein Gegner der strengen calvinistischen Kirchenzucht, die der Kurfürst einführte. Stattdessen wuchsen in ihm immer stärkere Zweifel an der Lehre der Dreifaltigkeit (Trinität) Gottes. Er schloss sich mit den Antitrinitariern Jacob Suter, Matthias Vehe und Adam Neuser zusammen. 1570 soll er ein antitrinitarisches Glaubensbekenntnis verfasst haben, welches jedoch nicht überliefert ist. Im selben Jahr entdeckte man Briefentwürfe – unter anderem an den Sultan des Osmanischen Reiches –, die starke antitrinitarische Tendenzen aufwiesen. Daraufhin wurden
Sylvanus und Vehe, später auch Suter, verhaftet. Neuser konnte sich nach Konstantinopel absetzen und konvertierte dort zum Islam. Vehe und Suter wurden nach Haft und Folter wieder entlassen, doch in Sylvanus sahen die Ankläger den verschlagenen Kopf einer ganzen Gruppe Kurpfälzer Antitrinitarier, so dass auch sein Widerruf dieser Lehre die Richter nicht umstimmte: Sie verurteilten ihn wegen Häresie zum Tod.
